Аудиторами счетной палаты было выяснено, что в январе 2012 года в Минобороны было выплачено почти 2 лишних миллиарда заработной платы.

Этот перерасход случился из-за того, что зарплату выплатили и через Единый расчетный центр министерства, и через управление финансового обеспечения по субъектам Российской Федерации. Точная сумма переплаты составила 1,88 миллиарда рублей, которые до сих пор не удалось компенсировать. Конечно, почти все деньги уже вернулись в казну, но часть военнослужащих уволились, что помешало вычесть размер переплаты из их заработной платы.

Помимо этой ошибки были и другие направление деятельности Министерства обороны, которые вызывают сомнения. Например, в 2011-2012 годах представители ведомства настойчиво лоббировали выделение дополнительных денежных средств на то, чтобы обеспечить работу 113 тысяч штатных должностей гражданских лиц в армии. Также не всегда выполнялись государственные контракты по заказу министерства, причем это не влекло за собой никаких штрафных санкций.

Главным выводом аудиторов счетной палаты стал тот факт, что в Министерстве обороны нет четко отлаженной системы внутриведомственного контроля расходования средств, получаемых из федерального бюджета. Вряд ли кого-то удивили такие выводы проверяющих из счетной палаты, ведь все помнят большой коррупционный скандал в Минобороны, в котором фигурируют суммы в размере нескольких миллиардов рублей.